在电子商务系统的建设中，最基础的工作就是电子商务网站的建设，而且它是一个随企业的发展而发展的持续不断的过程。
建设电子商务网站时，首先必须确定网站建设的目的，网站是从事电子商务活动的，即为什么要建立电子商务网站。网站建设的目的一般分为B2B、B2C交易。其目的主要是开展网上购物业务;用于企业形象建设，拓展企业联系渠道，接收用户反馈信息，作为服务性网站以及其他应用目的等。
由于不同的应用目的有不同的设计思路，因此对于网站设计人员来说，通过与企业业务人员沟通，确定网站建设的目的，是一项非常重要的工作。但是这项工作又容易被忽略或轻视，尤其是当专业的网站设计人员帮助企业建立网站而又没有该企业的行业经验时，与企业业务人员的沟通就更加重要。建设网站目的明确是很重要的，它关系着整个站点建设的主导思想和页面设计所突出的内容及版面风格。
建设网站的基本目标是:网站建成后，人们能够通过Internet浏览器访问该网站或通过该网站访问其他不同的网站，进行一定的信息交互，如查询产品信息、下订单、资金确认、物流运输等，进而完成一次商务活动的全过程。
此外，一般企业建设网站还有其他目的，如发布企业产品、服务信息，介绍企业历史、辉煌成就，收集客户反馈意见，开展网上市场调查，开展网络营销，网上客户服务，实施电子商务等。
电子商务网站系统的开发设计过程大致可分为计划阶段、设计阶段和测试与完善阶段。其中，在计划阶段，由领导小组和专家小组完成可行性研究报告、需求规格说明书、总体设计说明书和详细设计说明书等;而技术开发小组完成设计阶段的网页制作文档、程序设计报告以及程序修改文档等;在测试与完善阶段完成测试计划、分析报告和系统维护手册等。各阶段所产生的软件工程规范文档是进行电子商务网站系统设计与实现的基本依据。
